• مشرق الشمسین و اکسیر السعادتین:ارائه فقه استدلالی شیعه بر مبنای قرآن، آیات الاحکام وحدیث است.
• جامع عباسی: از نخستین و معروفترین رساله‌های علمیه به زبان فارسی؛
• حبل المتین فی اِحکام احکام الدّین : در فقه
• الاثنا عشریه: در پنج باب طهارت، صلات، زکات، خمس، صوم و حج است.
• زبده الاصول: شامل بیش از چهل شرح و حاشیه و نظم
• الاربعون حدیثاً: معروف به اربعین بهائی
• مفتاح الفلاح: در اعمال و اذکار شبانه روز به همراه تفسیر سورة حمد
• حدائق الصالحین: (ناتمام)، شرحی است بر صحیفة سجادیه
• حدیقة هلالیه: شامل تحقیقات و فوائد نجومی ارزنده

شخصیت سیاسی

محمد بن حسین عاملی (شیخ بهایی) در مدت 75 سال عمر خود با چهار تن از سلاطین صفوی معاصر بوده‌است ولی عمده فعالیت سیاسی او در دوره? دو پادشاه آخر گذشته.

1. شاه طهماسب (902 - 954 خورشیدی) (از966 (سال هجرت) تا 984ق به مدت 18 سال.)
2. شاه اسماعیل دوم (984-985ق) (به مدت یک سال و اندی.)
3. سلطان محمد خدابنده (985-995ق) (به مدت 10 سال.)
4. شاه عباس اول (995-1038ق) (تا 1031ق (سال رحلت) به مدت 35 سال.)

او در سال 966ق در حالیکه سیزده سال داشت به همراه پدر(از شاگردان مطرح شهید ثانی) از جبل عامل به سمت ایران مهاجرت کرد.

دلیل این مهاجرت از یکسو افزایش تهدیدات حاکمان عثمانی نسبت به شیعیان جبل عامل^[23] و از سوی دیگر احترام فراوان حاکمان آن زمان ایران (پادشاهان صفوی) به عالمان دینی بود، حاکمان صفوی با این کار ضمن ترویج دین و کمک به اقتدار سیاسی ایران به تحکیم سلطنت ‏خود نیز کمک می‌کردند، عالمان شیعی نیز در این بستر مناسب ضمن ترویج مذهب تشیع اثنی عشری، از گسترش صوفیگری در جامعه آن زمان جلوگیری می‌کردند.^[24]

پس از سه سال اقامت در اصفهان، پدر با توجه به پیشینه? علمی و فقهی وبا توصیه شیخ علی منشار (شیخ الاسلام اصفهان)، از سوی شاه طهماسب به صمت‏ شیخ الاسلامی قزوین (پایتخت) منصوب شد

شیخ‌آلاسلام مهم‌ترین منصب روحانیت در آن دوره بوده^*[1] و وظیفه? آن رفع ظلم از مظلومان، امر به معروف و نهی از منکر و تحقیق و بیان احکام شریعت برای مردم بود.^[25]

شش سال بعد عنوان شیخ الاسلامی پایتخت از او گرفته شد و شیخ‌الاسلامی مشهد و سپس هرات به او واگذار شد، نویسنده کتاب الهجرة العاملیة این اقدام شاه طهماسب را مصداق نفی بلد و تبعید سیاسی دانسته و دلیل آن را تلاش وی در احیا و اقامه نماز جمعه (که اقامه آن در عصر غیبت مورد اختلاف علما بود) در پایتخت صفویه می‌داند چرا که باعث ‏شد دولتمردان صفوی احساس خطر کنند و او را مانند محقق کرکی مانع بزرگی در برابر خواسته‌های خود بدانند^[26]. سرانجام پدر در سال ((983ق) ایران را به قصد زیارت حج ترک کرد و بعد از انجام مناسک حج‏ به بحرین رفت، در آن‌جا اقامت گزید و(یک سال بعد وفات یافت^[27]

مدت این چهارده سال در پایتخت و در کنار پدر در مشهد و هرات بودن شیخ بهایی را با منصب و وظایف شیخ‌الاسلامی آشنا ساخت و آماده پذیرش این منصب بعد از پدر نمود. شواهدی است که نشان می‌دهد سمت شیخ‌الاسلامی هرات بعداز فوت پدربه پسر(شیخ بهایی) رسیده‌است، میرحسین بن حیدر کرکی (شاگرد شیخ بهایی) در روضات الجنات نقلی دارد که برداشت از آن این است که شیخ بهایی بعد از پدر، شیخ‌الاسلام هرات شده‌^*[2]، که اگر این برداشت صحیح باشد سال وفات پدر (984ق) و سال بعداز آن که سالهای آشوب و هرج و مرج در دربار بوده^[28] نمی‌تواند تاریخ اخذ این سمت باشد و احتمال دارد که شیخ بعد از این تاریخ به این سمت منصوب شده.

مؤلف الهجرة العاملیة در این مورد نیز معتقد است شیخ مانند پدراز مرکز سیاسی و قدرت (پایتخت) دور نگه‌داشته می‌شد^[29].

البته تأییدی بر این منصب شیخ‌الاسلامی هرات در کتاب خیرالبیان وجود ندارد، آنچه درمورد این دوره از زندگی شیخ (جوانی) در خیرالبیان عنوان شده و قابل توجه‌است این است که شیخ در عنفوان جوانی سفری طولانی مدت به بلاد اسلامی انجام داده^[30] و با توجه به اینکه در کتاب سلافة العصر مدت سفرهای شیخ را 30 سال عنوان کرده .^[31] و با در نظر گرفتن اینکه آخرین سفر شیخ در سال 1015ق^[32] بوده می‌توان احتمال داد که این سفر می‌تواند در همین سالها باشد یعنی 994 یا 996 که درآن موقع شیخ 30 تا 32 سال داشته است^[33].